最初の立ち上がり
小石川植物園を守る会は1987年ごろ植物園を環状3号線の増設により植物園正門から御殿坂の上まで植物園南東部が道路になる計画が浮上し、植物園を守るために1987年４月に「植物園を守る会」が結成されました。近隣住民だけでなく、植物園を愛する多くの方が会員となり、9000名以上の署名を集め、道路計画から植物園を守ることができました。この主なメンバーは近隣の町会役員、植物研究者、都市計画家、そして当時の小石川植物園の岩槻邦雄園長及び有馬朗人理学部長らで、地域の住民らと共に文京区へ工事見直しの陳情書を提出しています。この時は東大が植物園保護のために積極的に道路工事の中止を嘆願しました。
二回目の立ち上がり 2003.09.22_K.B.G.Mamorukai-Saikai.pdf へのリンク
2003年8月、小石川植物園の北西部の網干坂に接する約10000平米 の土地に地下2階、地上4階建て、土地全体を地下2階から地上4階までらコンクリートの箱のようなマンション計画が浮上しました。（住友不動産問題）
小石川植物園の樹木は地下水脈や宙水から水分をとって生存しています。植物園の池は地下水脈からの湧水で潤っています。 2003.10.19_K.B.G.-Water.pdf へのリンク
そういう地形なので住友不動産の地下居住型マンション建設予定の設計では、小石川植物園の樹木も池も水脈を絶たれてしまうことになってしまい、植物園に大きな被害をもたらすことになり、工事の変更を訴えるために「小石川植物園を守る会」が二回目に立ち上がりました。
千石2丁目地区の住民運動も加わり、植物園を守る会も多くの署名を集め、住友不動産に抗議しました。
その後、諸般の事情により、住友不動産は最初の計画を断念し、計画は凍結し、土地は黒いビニールシートで覆ったまま９年になります。
平成24年10月、住友不動産から「小石川植物園を守る会」に平成25年3月から、マンション建設工事を開始するとの連絡がありました。マンション工事と設計は地下水を配慮した内容に変更してありました。
三回目の立ち上がり
2011（平成23年）年3月16日、午後7時から植物園から遠くない播磨坂の文京区清掃事務所の会議室で「小石川植物園周辺道路整備計画説明会」があるとの情報を得て説明会に参加して、”小石川植物園の塀の改修と植物園を削って歩道を拡幅する。”ことが平成23年度から予算が下りて工事が4月から始まることを参加した27名に初めて知らされました。東日本大地震の後、世間は節電で暗く、余震が頻繁にあった中での慌ただしい時間切れの説明会でした。議事録参照：
2011.03.16_Setsumeikai-gijiroku.pdf へのリンク
この日初めて分かったことですが、東京大学理学部が管轄する小石川植物園の塀の改修を、文京区が国土交通省から交付金を得て5年がかりで工事を行うことが示されました。タダでは他人の家の塀を修復できないという文京区に、東大は区道となる歩道拡幅分として1200平米を永代無償貸与することに平成21年（2009年）12月22日に東大総長濱田純一氏と文京区区長成澤廣修氏の協定が結ばれていました。（参考資料 基本協定書：2009.12.22_Kyouteisho.pdf へのリンク
小石川植物園は江戸時代綱吉の時代（1684年）に徳川家の下屋敷がこの地にあり、「白山御殿」として呼ばれ、今も「御殿坂」として地名が残っています。ここに薬草園として作られたのが植物園の始まりで、その後吉宗の時代(1721年）からのの形状をほぼ保っており、形状を変えることなく続いた日本最古の植物園です。その形状をほとんど必要性が分からない歩道拡幅のために削られようとしています。植物園には東京ではもう此処にしか生育しない生き物がたくさんいます。塀際にも貴重な生態系を保つ生き物がいます。 工事予定地図： Map_of_B.G.Planed_Constr.pdf へのリンク
小石川植物園は東京大学理学部の研究施設ではありますが、同時にこの5万坪、約16ヘクタールの土地の緑によって近隣住民に豊かな空気を提供し、ヒートアイランドの問題を抑え、野鳥の憩の場であり、年間約 1５万人以上の入園者を楽しませてくれる植物園でもあります。
300年以上続いているこの植物園を守ろうと三回目の「小石川植物園を守る会」が2011年4月に立ち上がりました。